Mikrobiyal patogenezin temel prensipleri ve teknikleri prokaryotik ve ökaryotik patojenlerin hücreleri kullanarak nasıl hastalık oluşturdukları, bağışıklık sisteminin enfeksiyonlara karşı geliştirdiği savunma mekanizmaları, enfeksiyonlarda patojen ve konak faktörlerin rolü, patogenez mekanizmalarını ve ilişkili hastalıkları çalışmak için geliştirilen yeni teknikler.
Modern genom araştırmalarında kullanılan ileri teorik ve uygulamalı yöntemler; fonksiyonel genom bilimi ve sistem biyolojisindeki problemleri çözmede kullanılan klasik ve yeni yaklaşımlar; modern sekans teknikleri ve biyomedikal araştırmalardaki kullanımları.
Organel oluşumu, organellerin miktarını ve fonksiyonunun düzenlenmesi, organellerin birbiriyle etkileşimi ve işbirliği; proteinlerin ve diğer makromoleküllerin organel içinde sentezi ve dışarıdan alımı; organel fonksiyonundaki eksikliklerden kaynaklanan hastalıklar.
Matematiksel biyolojiye giriştir: öğrencilere son yıllarda geliştirilen geniş ölçekli genom ve proteom araştırma verileri ve analiz metotlarına örnekler sunulacaktır. Özellikle, mikroarray analizi, sekanslama metodları (deep sequencing), kütle spektrometre ile proteomik analiz ve çeşitli biyoinformatik metotlar tartışılacaktır.
Öğrenciler fakültedeki bir danışman gözetiminde, moleküler biyoloji ve genetik alanında bağımsız bir araştırma projesi yürütecektir.
Genel not ortalaması 3 ve üzerinde olan öğrenciler, dersi verenin onayı ile bir araştırma projesi yürütecektir.
Öğrenciler fakültedeki bir danışman gözetiminde, moleküler biyoloji ve genetik alanında bağımsız bir araştırma projesi yürütecektir.
Modern Biyolojik bilimlerde kullanılan ileri metodlar. İşlenecek konular; Hipoteze ve yüksek işlem hacimli deneylere dayalı veri analizleri; DNA onarımı, DNA replikasyonu, gen anlatımı, hücre döngüsü, organel oluşumu, proteomiks ve genetik konularında son yıllarda yayınlanan araştırma makalelerinin tartışılması.
Biyolojik Bilimlerde elde edilen verilerin etkin bir şekilde sunulması önemli bir ön koşuldur. Bu ders öğrencilere etkin konuşma, ders verme, poster hazırlama ve makale yazım kuralları öğretilecektir.
Hücrenin enerji üretimi, depolaması ve kullanım mekanizmaları; oksitatif fosforilasyon, glikoliz, fotosentez, ve kemotrof organizmaların enerji üretim mekanizmaları.
Doğuştan ve sonradan kazanılan bağışıklık sistemlerinin moleküler mekanizması ayrıntılı işlenecektir. Dersin konuları; immune cevap, immün supresörler, bağışıklık sistemindeki farklı hücre çeşitlerinin iletişimi ve otoimmün sistemini içermektedir.
RNA yapısı, üretimi ve işlevleri; protein kodlayan RNA?ların kırpılması, poliadenil kuyruğu eklenmesi, hücre içi lokasyonunun belirlenmesi, translasyonu ve yıkımı; miRNA, siRNA gibi kodlamayan RNA?ların üretimi ve görevleri.
Malaria tripanosomes, toksoplazma ve parazitik mantarlar gibi patojenik organizmaların hücre ve molekül biyolojisi. Bu organizmaların üreme şekilleri, bağışlık siteminden kaçma mekanizmaları, evrimleri ve enfeksiyon mekanizmaları.
Proteomik ve fonksiyonu, kütle spektrometresi (MS), tandem MS, kimyasal ve posttranslasyonel modifikasyonlar, protein tanımlama, data analizi, protein kompleksleri, protein katlanması, MS genotipleme, geniş ölçekli çalışmalar; son yıllarda geliştirilen proteomik teknikleri ve uygulamaları; farklı hücre çeşitlerindeki protein etkileşimleri, sağlıklı ve hasta örneklerinin geniş ölçekli analitik karşılaştırma yöntemleri, hücresel iletişim yolları ve hücre içi organellerin ve hücre yüzeyinin proteomik analiz teknikleri.
Çeşitli mekanizmalar hücre çoğalmasını ve farklılaşmasını kontrol etmektedir. Bu ders farklı sinyal yolaklarını moleküler düzeyde inceleyecektir.Özellikle farklı hücre tiplerinde bulunan ortak sinyal yolakları incelenecektir.
Bu ders tümör oluşumunun moleküler ve hücre biyolojisi düzeyinde temel prensiplerini ayrıntılı işleyecektir. Hücre siklusu, onkogenler, tümör supresörler, tümörün diğer doku ve hücrelerle etkileşimi, kanser tedavi yöntemleri, kansere neden olan mutasyonları tespit etme metotları gibi konuları içerir.
Moleküler biyolojide kullanılan önemli teknikler ve kullanım alanları; klonlama, tek molekül ve tek hücre analizleri, in situ melezleme ile lokasyon belirleme, RNAi taramaları, gen ekspresyon analizleri, model organizma kullanımı ve protein analizi.
Döllenmiş yumurtanın gelişimini tamamlayıp erişkin hale gelinceye kadar geçirdiği evreler, iki omurgalı (fare ve balık) ve iki omurgasız (sinek ve kurtçuk) model organizmada bu gelişim sürecini kontrol eden moleküler mekanizmalar; gövde planı ve organ oluşumu, morfogenez, rejenerasyon ve yaşlanma süreçleri.
Değişik nöronal hücrelerin işlevi ve memelilerde sinir sistemi ayrıntılı olarak işlenecektir. Ayrıca synaps bağlantıları ile bu yapıların öğrenme ve hafızaya etkileri ve neurodegenerative hastalıkların sebepleri tartışılacaktır.
Prokaryot ve ökaryot sitoskeletonunun temel prensipleri ve teknikleri, aktin ve mikrotübül sitoskeletonunun ve intermediyer filamentlerin temel yapı taşları, çekirdekleme proteinleri, moleküler motorlar ve düzenleyici proteinlerinin moleküler mekanizması, sitoskeletonun hücre, doku ve organizma fizyolojisindeki rolü ve insan hastalıkları ile ilişkisi, sitoskeletonun hücre ve moleküler biyolojisini çalışmak için yeni geliştirilen teknikler.
Kanser oluşum ve gelişiminin moleküler ve hücresel temelleri, kanser tedavisiyle ilişkileri; kanser tedavisi, moleküler hedefe dayalı tedaviler, sitotoksik ilaçlar, yeni ilaç keşifleri, ilaç taşıma sistemleri, hücresel tedaviler ve gen tedavileri; araştırma ve derleme makalelerin tartışılması.
Gelişimsel ve hücre biyolojisinin modern tıp ile kesiştiği yeni bir alan olarak kök hücre biyolojisi; kök hücre biyolojisinin embriyonik gelişim, doku tamiri ve kanser açısından incelenmesi. Embriyonik ve indüklenmiş pluripotent kök hücreler, yeniden programlama ve farklılaşma, yetişkin dokularda ve kanserde kök hücreler ile kök hücre bazlı tedaviler. Kök hücrelerin üretimi ve uygulamaları için kullanılan ileri düzeydeki moleküler ve hücresel yöntemler.
Mikrobiyal patogenezin temel prensipleri ve teknikleri prokaryotik ve ökaryotik patojenlerin hücreleri kullanarak nasıl hastalık oluşturdukları, bağışıklık sisteminin enfeksiyonlara karşı geliştirdiği savunma mekanizmaları, enfeksiyonlarda patojen ve konak faktörlerin rolü, patogenez mekanizmalarını ve ilişkili hastalıkları çalışmak için geliştirilen yeni teknikler.